قسم الشؤون المالية ويتولى المهام الآتية : -
1- تنظيم الصكوك وسندات الصرف بعد التأكد من توفر المستلزمات وشروط الصرف .
2- إعداد الموازنة التشغيلية .
3- إعداد الموازين الشهرية والتقارير المالية للجهات الخارجية والداخلية .
4- قبض الإيرادات وإيداعها لدى المصارف وسحب المبالغ عند الحاجة لصرف الرواتب وغيرها .
5- إعداد الحسابات الختامية .
6- إعداد كشوفات الرواتب الشهرية وصرفها للمنتسبين وتسديد الاستقطاعات .
7- الإشراف والمتابعة على عمل لجان المشتريات .
8- الصرف على عقود الخطة الاستثمارية وإعداد الحسابات اللازمة لها .
9- الإشراف على مخازن الهيأة وإدراجها في سجلات خاصة بالوارد والصادر المخزني .
10- مراقبة التخصيصات المصادق عليها وإجراء المناقلات المطلوبة بالتنسيق مع وزارة المالية .
11- تدقيق المعاملات المقدمة للصرف وحسب الضوابط وتقديمها إلى قسم الرقابة الداخلية والتدقيق للمصادقة .
ويمارس القسم مهامه من خلال الشعب الآتية:
أ- الموازنة التشغيلية
ب- الإيرادات
ج- الرواتب والمصروفات
د- الصندوق
هـ- المخازن والموجودات